Колумбия находится в приэкваториальных и экваториальных широтах. Если подниматься по склонам Анд, то есть возможность увидеть, как по вертикали сменяются все широтные климатические пояса, начиная от экваториального климата, особенно жаркого, до вечных снегов и холода. Постоянные сильные ветра, которые дуют с Тихого океана, сильно увлажняют склоны Западных Кордильер и западное Тихоокеанское побережье.
За год в Колумбии выпадает до 9 тысяч мм осадков. А в Амазонии в три раза меньше. В Прикарибской низменности со второй половины апреля начинается влажный перш и продолжается примерно до середины ноября. К северу более длительный и четкий сухой сезон, который похож, главным образом, на зиму северного полушария. Сильная засушливость отличает самую северную часть Колумбии. Это полуостров Гуахира, в котором за год может выпасть лишь 250—400 миллиметров осадков. Большая часть данного полуострова представляет собой практически пустыню, которая покрыта небольшими колючими кустарниками и кактусами. В областях Прикарибской низменности и полуострова Гуахира, где норма осадков немного выше, простираются опустыненные саванны. Там обычно травяной покров выгорает в период крайне засушливых месяцев. В южной стороне начинаются стандартные саванны, где осадков выпадает в среднем в шесть раз больше, чем, например, на полуострове Гуахира. Внутренние долины и склоны Анд очень подветренны и засушливы. Только осенью и весной (с перерывом на летний период) с севера приходят циклоны, которые приносят дожди.
Магдалена является крупнейшей рекой Колумбии, длина которой составляет 1550 км. Каждый день эта река уносит в Карибское море примерно 76о м3 наносов. Обширная дельта Магдалены представляет собой сложный лабиринт рукавов, протоков и островов различных размеров.